我的现在要把整个网站上传，可它只能一个一个文件的传，压缩的不行，支持css 
.csv .dtd .gif .ini .jar .java .jpe .jpg .js .jsp .png .properties .tld .txt .war .xml .xsl 等我该怎么办？

jar、war、ear都是可以用zip打开的，分别用于java一般class的打包、web application打包和j2ee应用程序打包。

共同特点是展开后，在根目录有一个manifast文件。
如果你要上传你的web applicaiton，可以打成war包，前提是web server支持war协议，能够识别你的war包。比如tomcat和其他一些支持jsp/servlet的web server都能识别war。

不知道你是否明白j2ee构架？这是一种四层概念，其中的web处理层打包生成war,把业务逻辑层打包生成jar，然后由前两者组成应用程序，打包成ear.
建议你去学一学ibm websphere application developer