两个文件，
1。指定的行，比如前1000行
2。指定的列，比如5-10， 30-11
进行比较，然后输出不同的地方
感觉好复杂，不太可能实现，不过还是发出来问问

还没这样用过 
看可不可以这样
diff -y a b | head 1000
-y是把比较的2个文件的2行并列输出到一行 因此用head 1000 肯定就是前1000行的比较了
类似第x行到第y行 可以用head和tail命令组合起来得到

下面是diff每个参数的详解  里面好像有行列的字眼 你不妨仔细读读试试
http://blog.chinaunix.net/u3/112063/showart_2187036.html

cut 之后再diff

配置文件/etc/cut.conf
L1=5
R1=10
L2=14
R2=20
H=10

Shell:
. /etc/cut.conf
cut -c$L1-$R1,$L2-$R2 new.txt | head -$H 

复制一下，file.copy，这样不就可以比较了

还要指定列啊？估计diff实现不了，没见过，可能要写个awk脚本

直接复制个文件出来再diff吧，笨办法有时候最直接了，呵呵 

LZ不错
另外awk肯定可以