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许多人问过这个问题，但好象始终没有答案，一般情况下认为两个操作系统不会互相影响，因为毕竟只有一个在活动。
但是我想可能有如下原因，
一，你如果后装WINDOWS2000可能不会出现这个问题。
因为你装LINUX后等于改变了系统的设置。
二，可能是你的分区表有问题，如果用不同的分区工具，它们的结构是不同的，可能产生不良的异构分区表，建议你用LINUX的分区工具分区（从一开始分区）。
三，可能是WINDOWS2000的动态逻辑卷功能，或者叫什么动态目录树（可能用词不对，反正就是这个意思，我记不清了），因为它可能需动态检查硬盘及其它设备（是一个进步，向UNIX靠拢，据MS说可以支持灾难恢复和动态扩展，其实也就是热插拨），如果可能和话，禁止它（我不是2000使用者，不知道它是不是集成在内核中的，能不能这样做，以及可能产生的后果）。
四，可能是占用了2000的部分交换空间，如果是这样的话，你可以手工指定交换分区或固定的交换文件。
五，在重新分区过程中，可能使得硬盘分区与2000原来写入的配置不符了，如果是这样，你可以重装WINDOWS2000（记得做LINUX 启动盘），然后再把LINUX 的BOOT
LOADER（LILO 或GRUB）请回来。

让你的硬盘飞起来: Linux下也可以使用32Bit I/O和DMA。使用/sbin/hdparm -c1 /dev/hda(hdb,hdc..)打开32Bit传输模式，使用命令 /sbin/hdparm -d1 /dev/hda(hdb,hdc...) 打开DMA。最后使用/sbin/hdparm -k1 /dev/hda 以使硬盘在Reset之后保持上面的设定，这么一来，硬盘读写速度应该可以提高一倍以上。 

mr_fanwei和jakie所讲不是一回事。

to glassshark:
我觉得二比较可能；三不懂；四应该不会发生。

我的一个同事的也是这样的，他装有2000专业版、服务器版和LINUX7。3，专业版慢得可怜，服务器版也不快。我也装了几个操作系统，但是却没有这个问题，可能是因为是我用LINUX的分区工具吧。

另外他可能是用PQMAGIC分区的。

分区太散，磁头摆动过多。