我在硬盘A和硬盘B上分别安装了window2000和linux，现在不知道怎样作才能在启动时选进入windows或进入linux。

不是吧!最好的办法是把两个硬盘挂在一台机器上,一个为主,一个为从,然后按照Linux的分区命名方式/dev/hda....;/dev/hdb......
最好重装一下Linux,这样你就可以把grub安装在主硬盘的mbr上,有的Linux可以识别到别的os的引导,如果不行,可以自己编辑grub的menu.lst或lilo.conf
以便引导win2k

将Linux设置成master，将windows设置成slave，在BIOS中设置启动顺序。

最好使用grub作为启动引导工具.

bios中找到设置硬盘的选项（各个bios不同），设定主盘就可以了。
当然安装linux时要用grub引导。

up

你在bios中把装linux的那个硬盘设为主引导

先问一下你装linux时有没有选上将引导信息写入mbr，如没有则只好重装选修复即可。
现在可以把linux盘设为主引导……

你现在系统机器后进入哪个系统？
如果是LINUX，你就设置一下LILO或者GRUB
如果是WIN2000，你有两个选择：
1、设置硬盘跳线，这个会吧？LINUX的跳成MASTER，WIN2000是SLAVE
2、把LINUX加入WIN2000的引导菜单里。
   用引导盘进入LINUX，执行dd if=/dev/hda2（这是你的LINUX分区） of=/tmp/bootsect.1nx bs=512 count=1;mcopy /tmp/bootset.1nx a:（软驱里要有一张用DOS格式化过的软盘）命令，把bootset.1nx 文件拷到软盘里
3、进入WIN2000，将bootset.1nx文件放在C:，属性为隐藏。
4、打开BOOT .INI文件加入
c:bootset.lin="Start Linux" /fastdetect
保存重新启动

应该成功。如果不成功，检查一下文件名称和命令参数

1.set the partition of linux  active

2.自己编辑grub的menu.lst或lilo.conf
以便引导win2k
/dev/hda....;/dev/hdb......