在IIS 5.0和IIS 4.0中，配置数据库采用二进制文件结构，但IIS 6.0放弃了这一做法。IIS 6.0的配置数据由两个XML文件构成：一个是Metabase.xml，包含IIS 6.0服务器的配置信息；另一个是mbschema.xml，包含配置数据的模式定义。IIS管理器提供了一项新的功能，允许保存配置数据副本，只要右击Web网站，然后选择“所有任务”→“将配置保存到一个文件”，然后指定配置数据副本的文件名字和保存路径即可。按照这种方式保存配置数据时，IIS 6.0利用系统的机器码（Machine Key）加密配置数据的某些部分，因此，配置数据的副本只对创建该副本的机器有用。
不过，在“将配置保存到一个文件”对话框中，我们可以选中“用密码对配置进行加密”选项，然后指定密码，用密码来保护导出的配置文件。如果提供了密码，IIS 6.0将用密码来替代机器码，以后只要提供同一个密码，就可以将配置数据导入到另一个服务器。另外，我们可以使用命令行脚本iisback.vbs（在systemroot/System32中）创建和管理远程或本地计算机的IIS配置的备份副本，管理员可以使用此脚本工具创建其IIS配置的备份副本，从备份副本还原IIS配置以及列出和删除备份副本。
有些时候，我们只要保存某个应用程序池、Web网站或虚拟目录的配置，而不是保存全部的配置信息，这时可以按照如下步骤操作：右击要保持配置信息的对象，选择菜单“所有任务”→“将配置保存到一个文件”，如图二所示，如果准备将配置数据导入到另一个服务器，必须提供加密文件的密码。
图二
如果右击一个应用程序池、Web网站组或单个网站，然后选择“新建”→“应用程序池（来自文件）”，或者“新建”→“网站”→“来自文件”，或者“新建”→“虚拟目录（来自文件）”，就可以从保存的配置文件创建新的应用程序池、Web网站或虚拟目录。因此，必要的时候，我们可以只创建和配置一个对象，利用“将配置保存到一个文件”功能导出对象
的配置信息，然后利用“新建”→“虚拟目录（来自文件）”等功能将配置信息导入到多个Web网站。这就是说，我们可以先精心配置一个模板，然后用它来创建和配置新的网站。当然，出现问题时，配置信息副本还可以用来恢复网站的设置。
由于IIS 6.0配置信息是可移植的，它还有另外一个好处，这就是方便了升级。假设我们升级时不能直接在Win 2K/IIS 5.0上安装Windows 2003/IIS 6.0，必须换一台机器，这时就要解决如何将IIS 5.0不可移植的配置数据转移到新的IIS 6.0服务器的问题。利用IIS 6.0配置数据的可移植性，解决办法是：首先安装好新的Windows 2003服务器，为原来的Win 2K服务器做一个完整的备份，然后在Win 2K服务器上安装第二个Windows 2003服务器将它升级，导出第二个Windows 2003服务器的配置数据（用密码加密），然后将配置数据导入到新的Windows 2003服务器。新安装的Windows 2003服务器必须作一些调整，例如允许IUSR帐户等，但至少现在不必重新执行全部配置操作了。
IIS 6.0的配置数据是标准的文本文件（XML文件），所以可以用记事本之类的文本编辑器打开和编辑。如果修改了IIS 5.0或IIS 4.0的配置数据，有时必须重新启动IIS，如果系统上网站的数量很多，可能需要不少时间，例如ISP的服务器就属于这类情况。为了解决这个问题，IIS 6.0支持一种“运行时允许编辑”功能。“运行时允许编辑”功能按照如下方式启用：在IIS管理器中，右击服务器，选择菜单“属性”，然后选中“允许直接编辑配置数据库”选项，如图三所示。启用了这个功能之后，如果我们用记事本打开配置数据文件，插入一个虚拟目录的配置，然后保存并关闭配置文件，IIS 6.0几乎立即就能根据配置文件的设置作相应的修改，根本无需重新启动。
图三
既然允许直接编辑配置文件，因配置文件不合法造成的服务器、应用程序故障也必然增多。为此，IIS 6.0提供了配置文件历史版本目录，即/system32/inetsrv/history，每次修改配置数据或重新启动IIS 6.0，IIS 6.0都会在该目录中保存一份原有的配置数据。