前段时间摸索了java调用matlab东西，不说学的有多深，也算有结果了，达到目的了。也即用java程序可以调用matlab中函数了。
按顺序说吧，最开始肯定是下个matlab看看。下哪一个呢。开始下一个7.0觉得很新了。后来才觉得不是，现在都有7.8了。同时网上还流传着另外一种版本号信息，即2006版、 2006a版、2008b版，后来从网上找资料才知道，原来，matlab是一年两版的，叫a版和b 版。比如MATLAB 7.2 (Release 2006a)，我下的是m7.8即2009a版。网上有对应关系，有兴趣可以找一下。
先说明一下，我用java调用matlab用的是matlab人提供的，MABLAB BUILDER JA工具，还要告诉你，这工具2006b版以前是没有的，我想以前java可能通过JNI通过c来调用matlab的。所以你下载时要注意版本了。还有一点要说明下，如果你用的是AMD的处理器，不是intel的处理器，安装matlab后，可能不能运行，具体表现是，一打开就关闭了。我公司机器用就是AMD的处理器，解决办法其实也很简单，就是给你的机器新建立一个系统变量，变量名是BLAS_VERSION，变量值是D://MATLAB7//bin//win32//atlas_Athlon.dll（你的matlab安装地址）。
然后，就是我们学着用MABLAB BUILDER JA了，开始不知道看matlab帮助，只是从网上看别人写的东西，关于这样的文章基本上出自一个娘胎，我不明白的地方，都一样的没有。后来看到了matlab帮助文档了，确实兴奋了一把，那才是最正宗的。下面我就试着按照它的说明一步一步说一下。
先来，介绍一下MATLAB® Builder™ JA吧，它是 MATLAB® Compiler™的扩展产品，用它你可以把你的m-code文件包装起来，并打包到一个多个class文件中，这样的你的java程序就能用matlab了，其实是这样的，m-codeiv当然就是你想调用的matlab程序了。
要说明一点，如果你只是在安装matlab的机器上，用java调用运行由MATLAB® Builder™ JA生成的jar包，当然可以。
如果你要在没有安装matlab的机器上用java调用这些jar包，怎么办？也是可以的，不过，不过你要先在机器上安装matlab提供的MATLAB Compiler Runtime (MCR),它的安装文件在C:/Program Files/MATLAB/R2009a/toolbox/compiler/deploy/win32下(你的安装目录下)文件名MCRInstaller.exe。
准备工作：
java环境，JAVA_HOME设置正确。还有一点你jdk版本要是1.6以上的，1.5可能有错。
关键部分来了，在这部分你可以，通过一个例子，看到一个M-code function转变成为java可调用组件。
这个例子的名字叫，magic square，这个例子让你学会如何，创建一个叫magicsquare 的java组件，它主要包括一个 magic class，和一个jar文件，还有其它上些发布组件用到的文件。magic .class是最关键的，就是它包装了， MATLAB 的函数 makesqr， makesqr函数是计算魔方数组用的，后面我们就是java程序，调用这个函数。
MATLAB Builder JA，可以通过在matlab命令，deploytool 调出，在这之间，为了验证matlab已能得到你的java环境了，你可以用，getenv JAVA_HOME来验证一下，能返回你的JAVA_HOME就是正确的了。
这个例子的，m代码和java代码，matlab都帮我们写好了。你现在需要做的就是把它的代码拷贝你的工作空间中，它是例子在
matlabroot /toolbox/javabuilder/Examples/MagicSquareExample .
matlabroot就是matlab的安装目录。
拷贝MagicSquareExample这个文件夹到你工作空间， for example, D:/javabuilder_examples
记得不要有空格。把MagicSquareExample子目录改名为 magic_square，现在的文件结构应该是 D:/javabuilder_examples/magic_square .没错的话。然后把matlab工作空间转到D:/javabuilder_ examples/magic_square。 最后，要用m-code function我们要先测试它，打开makesqr.m文件，然后在matlab命令行中，输入 makesqr(5)，看看结果是不是
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deploytool 调出 MATLAB Builder JA，它应该是如下这个样子，
然后你选择MATLAB BUILDER JA,新建一个工作，点击Browse按钮把你的工作放在
D:/javabuilder_examples/magic_square.输入magicsquare 作为工程名称。默认工程名字也是
D:/javabuilder_examples/magic_square目录下的包名。
MATLAB Builder JA 分配classes存放的文件夹名是按工程名称来设置的，所以在本工作中，Magicsquare 就是作为，calsses存放目录
名称了，我们要手动改它名字为，class，直接右击就可以改了。（这也是我以前看别人文章的，老找不到他们所谓的class文件夹的原因，也没人说这个问题）
工作建好以后，你可以setting你的工程，matlab的指南上说，让我们把Generate Verbose Output 选项选上，这样就能看到出错信息，实际上它默认是选择的。
然后，把m文件添加到工程中，在matalb中找到makesqr.m 文件把它，用鼠标拖到工程的magic文件夹下。然后保存工程。
下面就是构建工程，点击面板上方 按钮，等待一会，matlab就会你的工程目录下，创建src 和distrib两个文件夹。 src目录中包括有，生成的java文件，magic.class。distrib目录中包括有java存档文件，magicsquare.jar。
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下面就是把m-code函数创建成一个java组件。用刚才说的，
接下来，就是验证你用matlab builder ja生成的java组件是不是能用的时候了。
先在你的java ide中建立一个java工程，然后把刚才生成的magicsquare.jar，还有，matlabroot/toolbox/javabuilder/jar/javabuilder.jar加入你的java工程构建路径中去。
然后你把D:/javabuilder_examples/magic_square/MagicDemoJavaApp下的getmagic.java测试文件拷贝到你java工程下，然后直接运行它。具体是怎么调用的，你看一测试代码就知道了，很easy.
就可以测试了。它是提示你输入一个数。如输入5，回车得到
Magic square of order 5
17 24 1 8 15
23 5 7 14 16
4 6 13 20 22
10 12 19 21 3
11 18 25 2 9
就正确了。
最后补充一点，我在公司机器上运行这个例子时，能出结果，但出结果前，老是报
这个错，但在我家，自己的机器上就没有这个错误，要说明一点的是，我家自己机器上用的INTEL的cpu，公司用的是AMD的，其它没什么区别。也不知是什么原因。