本文分析了mysqld进程关闭的过程，以及如何安全、缓和地关闭MySQL实例，对这个过程不甚清楚的同学可以参考下。
关闭过程：
1、发起shutdown，发出SIGTERM信号
2、有必要的话，新建一个关闭线程(shutdown thread)
如果是客户端发起的关闭，则会新建一个专用的关闭线程
如果是直接收到 SIGTERM 信号进行关闭的话，专门负责信号处理的线程就会负责关闭工作，或者新建一个独立的线程负责这个事
当无法创建独立的关闭线程时(例如内存不足)，MySQL Server会发出类似下面的告警信息：
Error: Can't create thread to kill server
3、MySQL Server不再响应新的连接请求
关闭TCP/IP网络监听，关闭Unix Socket等渠道
4、逐渐关闭当前的连接、事务
空闲连接，将立刻被终止；
当前还有事务、SQL活动的连接，会将其标识为 killed，并定期检查其状态，以便下次检查时将其关闭；(参考 KILL 语法)
当前有活跃事务的，该事物会被回滚，如果该事务中还修改了非事务表，则已经修改的数据无法回滚，可能只会完成部分变更；
如果是Master/Slave复制场景里的Master，则对复制线程的处理过程和普通线程也是一样的；
如果是Master/Slave复制场景里的Slave，则会依次关闭IO、SQL线程，如果这2个线程当前是活跃的，则也会加上 killed 标识，然后再关闭；
Slave服务器上，SQL线程是允许直接停止当前的SQL操作的(为了避免复制问题)，然后再关闭该线程；
在MySQl 5.0.80及以前的版本里，如果SQL线程当时正好执行一个事务到中间，该事务会回滚；从5.0.81开始，则会等待所有的操作结束，除非用户发起KILL操作。
当Slave的SQL线程对非事务表执行操作时被强制 KILL了，可能会导致Master、Slave数据不一致；
5、MySQL Server进程关闭所有线程，关闭所有存储引擎；
刷新所有表cache，关闭所有打开的表；
每个存储引擎各自负责相关的关闭操作，例如MyISAM会刷新所有等待写入的操作；InnoDB会将buffer pool刷新到磁盘中(从MySQL 5.0.5开始，如果innodb_fast_shutdown不设置为 2 的话)，把当前的LSN记录到表空间中，然后关闭所有的内部线程。
6、MySQL Server进程退出
关于KILL指令
从5.0开始，KILL 支持指定 CONNECTION | QUERY两种可选项：
@KILL CONNECTION和原来的一样，停止回滚事务，关闭该线程连接，释放相关资源；
@KILL QUERY则只停止线程当前提交执行的操作，其他的保持不变；
提交KILL操作后，该线程上会设置一个特殊的 kill标记位。通常需要一段时间后才能真正关闭线程，因为kill标记位只在特定的情况下才检查：
1、执行SELECT查询时，在ORDER BY或GROUP BY循环中，每次读完一些行记录块后会检查 kill标记位，如果发现存在，该语句会终止；
2、执行ALTER TABLE时，在从原始表中每读取一些行记录块后会检查 kill 标记位，如果发现存在，该语句会终止，删除临时表；
3、执行UPDATE和DELETE时，每读取一些行记录块并且更新或删除后会检查 kill 标记位，如果发现存在，该语句会终止，回滚事务，若是在非事务表上的操作，则已发生变更的数据不会回滚；
4、GET_LOCK() 函数返回NULL；
5、INSERT DELAY线程会迅速内存中的新增记录，然后终止；
6、如果当前线程持有表级锁，则会释放，并终止；
7、如果线程的写操作调用在等待释放磁盘空间，则会直接抛出“磁盘空间满”错误，然后终止；
8、当MyISAM表在执行REPAIR TABLE 或 OPTIMIZE TABLE 时被 KILL的话，会导致该表损坏不可用，指导再次修复完成。
安全关闭MySQL几点建议
想要安全关闭 mysqld 服务进程，建议按照下面的步骤来进行：
0、用具有SUPER、ALL等最高权限的账号连接MySQL，最好是用 unix socket 方式连接；
1、在5.0及以上版本，设置innodb_fast_shutdown = 1，允许快速关闭InnoDB(不进行full purge、insert buffer merge)，如果是为了升级或者降级MySQL版本，则不要设置；
2、设置innodb_max_dirty_pages_pct = 0，让InnoDB把所有脏页都刷新到磁盘中去；
3、设置max_connections和max_user_connections为1，也就最后除了自己当前的连接外，不允许再有新的连接创建；
4、关闭所有不活跃的线程，也就是状态为Sleep 且 Time 大于 1 的线程ID；
5、执行 SHOW PROCESSLIST 确认是否还有活跃的线程，尤其是会产生表锁的线程，例如有大数据集的SELECT，或者大范围的UPDATE，或者执行DDL，都是要特别谨慎的；
6、执行 SHOW ENGINE INNODB STATUS 确认History list length的值较低(一般要低于500)，也就是未PURGE的事务很少，并且确认Log sequence number、Log flushed up to、Last checkpoint at三个状态的值一样，也就是所有的LSN都已经做过检查点了；
7、然后执行FLUSH LOCKAL TABLES 操作，刷新所有 table cache，关闭已打开的表(LOCAL的作用是该操作不记录BINLOG)；
8、如果是SLAVE服务器，最好是先关闭 IO_THREAD，等待所有RELAY LOG都应用完后，再关闭 SQL_THREAD，避免 SQL_THREAD 在执行大事务被终止，耐心待其全部应用完毕，如果非要强制关闭的话，最好也等待大事务结束后再关闭SQL_THREAD；
9、最后再执行 mysqladmin shutdown。
10、紧急情况下，可以设置innodb_fast_shutdown = 1，然后直接执行 mysqladmin shutdown 即可，甚至直接在操作系统层调用 kill 或者 kill -9 杀掉 mysqld 进程(在innodb_flush_log_at_trx_commit = 0 的时候可能会丢失部分事务)，不过mysqld进程再次启动时，会进行CRASH RECOVERY工作，需要有所权衡。
啰嗦那么多，其实正常情况下执行 mysqladmin shutdown 就够了，如果发生阻塞，再参考上面的内容进行分析和解决吧，哈哈：)