我用JNI技术做了一个安装程序，但在程序卸载部分中，当我要删除DLL文件时，却不能删除（报文件正在使用），使得整个卸载只剩下这个DLL不能删除掉。

这个是java的弊端，就目前而言没有这种函数
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C/C++能够利用FreeLibrary函数释放旧的功能模块所占用的内存空间，从而保持了功能模块名和动态链接库文件名的一致性，同时节省了内存空间和磁盘空间。而Java并不提供类似的类库卸载功能，被旧的功能模块所占用的内存空间已经不再被使用却无法被释放，因此会有相当数量的内存被浪费。

你 的程序不退出之前不能删掉这个DLL

单独写一个反安装程序吧。