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Application Server是一套软件，可以提供各种各样应用程序服务，例如Web服务（就是Web容器），EJB容器服务，分布式事务，安全性管理等等。AS提供的服务可以使程序员从一些低层但是又必须（例如分布式事务）的开发中解脱出来，只须针对AS提供的API作简单的开发就行。
中间件也就是上面说的这些组件，叫中间件是因为它既不是操作系统，又不是给客户直接使用（否则叫应用程序），只是给开发人员使用。
EJB容器就是实现了EJB标准的组件，也可以认为是个中间件。Web Server同理。
通常只有Java世界上才有中间件的说法，因为微软所有像事务处理这样的东西都是和操作系统绑死，没有中间件的生存空间。
这是我的认识，欢迎指正。