我在命令窗口输入如下命名执行某个程序
cd /root/fdr-2.83-linux-academic
export FDRHOME=/root/fdr-2.83-linux-academic
cd bin
./fdr2 batch /root/windows/test.csp

我想做个程序自动执行上面的命令，而不是通过手动输入命令，调查了一下好像可以用system函数
test.c文件的内容
int main(){
int newret;
printf("Get the thread Id:%dn",getpid());

newret = system("cd /root/fdr-2.83-linux-academic");
printf("newret Id1:%dn",newret);

newret = system("export FDRHOME=/root/fdr-2.83-linux-academic");
printf("newret Id2:%dn",newret);

newret = system("cd bin");
printf("newret Id3:%dn",newret);

newret = system("./fdr2 batch /root/windows/test.csp");
printf("newret Id4:%dn",newret);

return 0;
}
执行newret = system("cd bin")的时候出错，于是改成newret = system("cd /root/fdr-2.83-linux-academic");出错信息是 cd: bin:no such file or directory
但这样的话执行newret = system("./fdr2 batch /root/windows/test.csp")的时候出错了，错误信息是 sh ./fdr2: no such file or directory

我应该怎么做才能实现与手动输入命令一样的功能呢，用c程序不行的话又没有其他的方法

你可以将你的名令写入一个字符串，用;号分隔开来，然后直接调用system执行，这样做是可以的，比如：
strcpy( lrs_cmd, "cd bin; ./fdr2 batch /root/windows/test.csp");
system( lrs_cmd );
如果还有其他需要执行的命令，都一起在lrs_cmd里面定义，记住每个命令用;间隔，这样是没问题的

newret = system("cd /root/fdr-2.83-linux-academic"); 
printf("newret Id1:%dn",newret); 

像你这里这些cd 的操作，是不能改变当前进程的目录的，只作用在子进程，所以你的需求相当于没有实现。

vim 个XX.sh
*******************************************
#!/bin/bash
cd /root/fdr-2.83-linux-academic
export FDRHOME=/root/fdr-2.83-linux-academic
cd bin
./fdr2 batch /root/windows/test.csp 
******************************************

shell脚本内容 
最后再 chmod +x  XX.sh shell脚本就OK了


在你的函数里使用system("/物理路径/XX.sh")；

如果想知道前面的 shell脚本是否执行成功可以FILE *result=popen("/物理路径/XX.sh || echo $?","r");
再用fread(buf,sizeof(char),sizeof(buf) result); 将结果读入buf中 
int flag=atoi(buf);
如果是1表示失败，0表示成功。