我有两个硬盘，主盘是win2000,从盘是win98,两个系统是分开装的，2000是用 GHOST 弄上去的，win98 是从 dos 装上去的，我现在修改了 boot.ini ,还是不行。
--------------boot.ini 内容-------------------
[boot loader]
timeout=30
default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)WINNT

[operating systems]
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)WINNT="Microsoft Windows 2000 Server" /fastdetect
multi(0)disk(0)rdisk(1)partition(1)WINDOWS="Microsoft Windows 98"

请问如何实现双系统的引导呢？

我的情况和你一样，现在的设置差不多成功了：
[boot loader]
timeout=5
default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)WINDOWS
[operating systems]
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)WINDOWS="Windows Server 2003, Enterprise" /fastdetect
multi(0)disk(0)rdisk(1)partition(1)WINNT="Windows 2000 professional" /fastdetect
说差不多，是因为单独用win2000启动会失败，boot failure，估计只能修复了，但还是现在好。以前这么设置不成功。用了win 2003的msconfig来检测启动的系统，可能修改了win2000启动的信息（所以boot failure）

multi(0)disk(0)rdisk(1)partition(1)WINDOWS="Microsoft Windows 98"
这个实现不了的！你要做一个启动镜像，nt loader来做会成为c:bootsect.dos或者c:bootsect.w40(根据安装方式)这个文件。linux下dd可以作这件事。手动在win下怎么做，我就不懂了
至少改成....bootsect.dos = "Microsoft Windows 98",我更不清楚这个地址该如何写了

仅仅修改Boot.ini不行，你还需要加载Windows 98和2000的引导程序装载器

我建议你是用第三方引导程序，比如System Commander

只是修改boot文件不成，你要么用第三方软件system commander（还有bootmanager）来实现多系统引导，要么修复安装2000。
祝你好运