如题，请教一下高人un*x 风格的C++库是如何安排目录结构的？是不是要把 .cpp 和 .h 分别安排到 project/src 和 project/include 目录下？

这个问题说简单也简单，说复杂则太复杂。这与unix还是windows没有关系，涉及到代码的物理架构问题，然而与应用的逻辑架构也有很直接的关系。目前我看过的最好的书籍，应该是《大规模C++程序设计》。虽然是99年的书（好像），但现在看来还没有过时。楼主可以找来看看。
简单讲，是否分目录，要看是否按照模块来划分，有多少公用的部分，有多少可重用的代码，等等，充分考虑高内聚，低耦合，编译效率，代码的稳定性等等。

对的，一般都是把.cpp和.h分开，这样便于把.h放进二进制发布包发布。

最好的方法是参考一个和你的项目近似的成熟的开源项目，
别人长期的经验累积，总比你自己开始盲目摸索的好。