window和linux交集仅仅是用户界面长得差不多吗？它对已经编译了的程序的执行方式的交集难道是0？

这是一些比较底层的东西，主要是系统调用应用程序的方式不同
因为WINDOWS下的应用程序文件有其特定的格式，
所以其实在LINUX下只要做一个中间转换程序就可以了
当然，做起来太难了
如果想弄懂这个问题，而且又有时间的话，建议去看一下LINUX的源代码

应用程序需要底层的操作系统的支持和库的支持。在windows下面就是需要windows api以及相应的库来支持程序的运行。在linux下面就需要系统调用和相应的库来支持。
    linux下的系统调用和window下的api本质原理上是相似的，但是具体的实现是不兼容的。另外，支持程序运行的库其具体的实现也是不同的。
    所以windows下面的程序不能在linux下面运行。
    当然，只要消除这些差异，程序也是可以移植的。
    比如：
    1、不使用造成差异的api或者系统调用。这一点在win98，win2000和win NT之间也成立。在unix和其他类unix操作系统种也成立。
    2、不使用基于某个操作系统平台的库。如果只使用标准的C＋＋库，而不使用MFC之类的基于window平台的库的C＋＋程序。我想，在linux平台下重新编译也是可以运行的。
    
    另外，如果要跨平台移植。比如从x386芯片移植到M68K芯片，那么除了系统调用（api）和库的问题，影响移植的还有指令系统的问题。

MS下的程序在linux下不能用的原因很简单，是因为不同的操作系统对应用程序提供的接口是不一样的。
别说MS下的程序在linux下不能用，就是windows下的程序在dos下也不能用啊，那就是因为windows可以提供的接口dos无法提供，相反，因为dos可以提供的接口windows基本可以提供，所以dos下的程序很多可以在windows下跑。

编译结果不同

使用不同的语言编写的，当然不能兼容呀。QQ都不行何况其它。
http://expert.csdn.net/Expert/topic/2048/2048427.xml?temp=.7167169

形象一点比喻，就好像你在外国说中国话为什么几乎没人能听懂。
不过有不少外国人开始学习汉语，就好像wine，于是linux下可以执行一部分windows程序。

TO kes2000(云之雾):

微软的API的内部机制和实现应给是有版权或者patent的吧.

看看PE格式，嘿嘿，大不同