我们公司的Linux下工程Makefile与最终的可执行文件不在一个目录下，这样我每次调试的时候都要手工用directory命令来设置源文件搜索路径，很不方便。不知有没有什么方法可以让gdb记住我的搜索路径，可不可以写配置文件什么的？还有断点信息也是退出就没有了吧？有没有什么办法可以记住？

可使用gdb的-x选项。
即，你可以先把这些命令预先写到一个文件里面，然后在调用gdb的时候用-x选项指定这个文件就可以了。
具体参考man手册。