机器C不断向机器S以FTP方式上传文件,S则有个程序不断处理这些文件。
目前的问题是，如何保证程序处理的文件都是已经上传完毕的。而不是正在传的。

也就是说，程序碰到一个文件，能够判断出该文件是否已经上传完毕的文件？

不好判断，除非该文件定义了明确的文件结束标志。
其实有个笨办法，就是穿完一个文件后再传一个空文件过去，比如：
c向s发送了一个文件file1，传送完毕后再传一个空文件过去这个文件叫file1.end
在s如果检测到file1.end存在则证明这个文件是传送完毕的。

FTP是自己写的还是机器S系统自带的？

没错，在linux下mv文件是原子操作，不用担心。函数rename

客房端是自己写的那你可以在传完一个文件后给服务器发个消息,告诉服务器哪个文件已经传送完成了
服务器收到这个消息就去处理
服务器端起个进程来监听客户端的消息

同意五楼的。其实我觉得S段的处理程序不需要判断传输完毕：它只需要不断刷新B目录下看有没有新文件，如果有，这个文件肯定是传输完毕的（原理：vsftpd接受client的命令，将该传输完毕的文件从A目录mv过来的）。