安装LINUX以前,
在C盘有WIN98,D盘有WIN2000,
之后,我用分区工具,重新划分硬盘.

整理完后,以下分配:

C盘:3G,装有WIN98(放在了8G以内)
未格式化区 FOR LINUX 4G(放在了8G以内)
扩展分区:
    D盘:3G,装有WIN2000(放在了8G以外,不知跟这个是否有关系)
    E盘:其他软件

安装完RED HAD LINUX 7.2以后,LINUX启动正常,

WIN98启动正常,但WIN2000启动失败.
说system32ntoskrnl.exe不存在或破坏.

不知是否有办法恢复,请大侠指点.

你用的是grub吧，不过你这个问题应该不是出在grub配置上的。
你的linux分区是从原来的C还是D分出来的？
不管它是从那个分出来的，反正是在win2000分区之前的吧，这样
你原来的win2000分区就由第二个变成了第三个，而你的boot.ini
文件里指向win2000的用的还是patition(2)，这样自然找不到win2000
启动要的文件。
你的d盘是什么分区？ntfs的么？如果是ntfs的话，你要用win2000的启动盘
启动，然后修改boot.ini文件，或者挂到别人的机子上去改了。
如果是fat32的，可以在win98下改的。