编写了个hello.c 然后编译：

nios2-linux-gcc hello.c -o therun

在终端上运行：
# ls
therun  
# therun
therun: not found

-rwxr-xr-x    1 0        0           63297 therun

文件格式需要转换？？？还是什么原因？？
怎么弄成romfs格式？

使用./therun调用就可以了。

楼主，在linux下编程，首先你要对linux有个基本的认识啊，最起码知道怎么用啊。

同意，或者在执行前面加./或者在path环境变量中增加./，都行，path的意思就是查找程序的路径，比如你找一个叫张三的人，path路径定位某单位，那么就只某单位中找张3，如果张3不是某单位的，就是他就站在你面前，也不会找。

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《精通Unix下C语言编程与项目实践》 
本书以实际应用为目标，直接讲述在产生中最有可能知识，并提供可直接使用的应用编程模板，对初学者尤其有帮助。 
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一般来说最好不要把.加入path环境变量中，因为别有用心的用户可能在当前目录下放一个恶意的执行文件取名为ls,当其它用户登录后很可能会执行ls这个命令，而这时实际执行的不是你想要的结果。

PATH变量一般不包含当前目录,所以执行当前上当的程序得在前面加"./",即./therun
"看不明白"指的是什么不明白?
是这种运行方式不明白还是运行结果不明白?
若是前者,看第一行的描述.若是后者,看你的源代码.

试试这个：

./therun