我的机器向来是windows98,windows2000,linux三分天下,启动次序是:
Grub--->Linux(/dev/hda9)
    --->Dos    ---->Windows2000(/dev/hda1)
               ---->Windows98(/dev/hda5)
三个系统一向相安无事.
噩梦开始于Win98出了问题,疑有病毒作祟,于是Format d:,重新安装.至于启动问题,原来在RH7.1也解决过,大不了修复一下win2000,再loadlin到linux,再lilo就可以了,RH9的GRUB也应该差不多吧!
安装过后,启动只剩下了Dos ---->Windows2000
                         ---->Windows98,
2000还在,连修复都省了.
loadlin到Linux
>Grub
好象不行,man 了一下,好象要Grub-install.
>Grub-install
需要指定设备.
>Grub-install /dev/hda
(我怀疑问题就出在这里,应该是/dev/hda9??)
reboot,收工,Grub出来了.
慢着,Dos的引导怎么不成功
看来Windows2000的引导程序的确需要修复.
修复........重启
Disk error!!!
最糟的是,我用光盘引导后查看,发现C:(/dev/hda1)已不能dir,Grub已覆盖了C:的目录扇??
q1:
  能否恢复?
q2:
  类似情况应该Grub-install /dev/hda9?

你到这步是对的，
>Grub-install /dev/hda
下边启动不了是因为，你将win98分区里的下列文件中的一个或多个丢失！
boot.ini： 负责配置win2000启动菜单,丢失就不会有win2000启动菜单
NTLDR： 负责装载win2000启动菜单所选OS,丢失不能装载OS
BOOTFONT.BIN: win2000引导菜单字体文件。
TXTSETUP.SIF：作用未知，但win2000多重启动必须。
BOOTSECT.DOS：win98引导扇区，由NTLDR装载启动win98.丢失则不能启动win98.
NTDETECT.COM: win2000装载程序，由NTLDR装载启动win2000.丢失则不能引导win2000.
a1.必须在安好win98后，使用win2000光盘紧急恢复故障控制台,fixboot来修复！
a2.还是应该Grub-install /dev/hda，grub必须装到MBR才能在不使用grub启动盘的情况下启动看到grub菜单。

原来的 grub.config 别动
grub
/*下面是在grub里的命令*/
root(hd0,9)     //hd0 表示你的第几个硬盘; 9 代表你的Linux 的根目录所在分区
setup(hd0,0)    //0 表示把 grub 装到 MBR 中

我看问题已经不是与grub有关了，是你在修复windows中造成的。
“reboot,收工,Grub出来了.慢着,Dos的引导怎么不成功”
windows的多系统引导界面能显示出来吗？
还是可以出现这个界面，但是选择后不能启动？

“最糟的是,我用光盘引导后查看,发现C:(/dev/hda1)已不能dir”
请说明以下两点：
1、这里你用的是那个系统的启动盘？进入了是linux还是windows？
2、windows2000系统还能通过其他系统访问吗？

（我对windows2000的启动过程不了解，只能说以下我的思路。）
   首先我的方法就是先用ms-dos的fdisk /mbr先把win98修复：
   再用win2000的修复工具修复win2000，这一步只要保证windows的两个系统能启动就可以；
   然后用grub-install /dev/hda完成grub的安装，请确保你的/etc/grub.conf文件配置正确。

hda1不能dir  极有可能是因为转换成了linux的文件系统
还有的就是   在引导非linux系统的时候  
只需要用root  进入     更改 boot  目录下的 grub.config